So wie Du es beschreibst lädt das Spiel Deinen ModOrdner nicht - das kann sein dass die gamesettings.xml deffekt ist.
lösche die gameSettings.xml (liegt in dem Ordner wo auch Dein Mod Ordner liegt) und starte dann das Spiel noch einmal neu - dadurch wird eine neue Standard gameSettings.xml angelegt.
Habe das Problem mit dem Mod Realistischer Schmutz da steht diese Version ist veraltet....ich denke es liegt daran das einige Mods an das Update angepasst werden müssen.
Wenn du etwas weiter oben lesen würdest, dann hättest du die Antwort bereits. Ab Beitrag #6 wird dein Problem bereits erläutert und auch Lösungen dazu gepostet.
nur kommt so eine Meldung nur dann wenn Giants diesen Mod auf die entsprechende Liste gesetzt hat weil der zu viele Probleme verursacht.
Das anheben der Version in der Moddesc umgeht dann zwar die Meldung, löst aber nicht die Probleme die der Mod mit sich bringt und weshalb dieser auf der Warnliste steht.
Wenn muss der Modder entsprechend nachbessern und eine aktualisierte Version liefern.