Man sollte auf jeden Fall für jede Map einen eigenen "Modordner" anlegen. Und dann auch nur die Mods rein die man dafür braucht bzw nutzt.
Für Oldtimer nimmt man z.b. sicherlich andere Trecker und Maschinen als bei einem modernen Hof.
Da in den Maps meistens auch Scripte verbaut sind, können die sich mit anderen Maps wenn sie im gleichen Ordner sind, gegenseitig "beißen", heißt Errors erzeugen, manchmal auch erst im späteren Spielverlauf.
Ich habe je nach Karte zwischen 80 bis 130 Mods im Ordner (oft auch die gleichen in jeder Karte) und ganz ganz selten Probleme damit, weil ich halt schon im Vorfeld die Mods oder Scripte einzeln "teste". Sprich: Wenn sie Errors schmeißen, landen sie im Eimer, auch wenn es manchmal schade drum ist.